园艺学院研究生教育从90年代中期开始起步。1995年刘润进教授和原永兵教授被山东农业大学聘为硕士研究生导师并开始招收研究生。1997年申报果树学硕士点，1998年被授予果树学硕士点。1999年学院开始独立招收研究生，2004年被授予蔬菜学硕士点，2005年被授予园艺学一级学科硕士点。

全院研究生教育从无到有，呈现良好的发展势头，目前已有研究生导师22名，其中博士生导师2名，在校研究生58名。现在正积极准备申报果树学博士点。

学院研究生教育的发展有力地促进了科学研究和学风建设，本科生报考研究生的积极性空前高涨，考取研究生的比例逐年提高，2001届毕业生考研取得前所未有的好成绩，其中9-417、9-715两个宿舍的16位女生全部考取研究生，蔬菜97-2班28位毕业生中有25人报考，考取23名，11位女生全部金榜题名。

近几年园艺学院研究生考取率